Menurut Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 234/U/2000, Program Studi adalah kesatuan rencana belajar sebagai pedoman penyelenggaraan pendidikan akademik dan/atau profesional yang diselenggarakan atas dasar suatu kurikulum serta ditujukan agar mahasiswa dapat menguasai pengetahuan, keterampilan dan sikap yang sesuai dengan sasaran kurikulum.
Pengelola Program Studi di Fakultas Pertanian Universitas Pattimura
Program Studi Agroteknologi
Ketua Program Studi: Ir. Aminudin Umasangadji, MP.
Sekretaris Program Studi: Ir. Jogenes Patty, MP.
Program Studi Pemuliaan Tanaman
Ketua Program Studi: Dr. Ir. Edizon Jambormias, M.Si.
Program Studi Ilmu Tanah
Ketua Program Studi: Ir. Rudy Soplanit, MP.
Program Studi Kehutanan
Ketua Program Studi: Febian F. Tetelay, S.Hut., MP.
Program Studi Peternakan
Ketua Program Studi: Ir. Demianus F. Souhoka, MP.
Program Studi Agribisnis
Ketua Program Studi: Dr. Ir. S.F.W. Thenu, M.Si.
Program Studi Penyuluhan Pertanian
Ketua Program Studi: Ester D. Leatemia, SP., M.Si.
Program Studi Teknologi Hasil Pertanian
Ketua Program Studi: Erynola Moniharapon, S.Pi., M.Si., M.Sc., Ph.D.
Sekretaris Program Studi: Dr. Helen C.D. Tuhumury, SP., M.Food.Sc.